組織再編とは?合併・会社分割・株式交換などの違い

組織再編とは 合併・会社分割・株式交換などの違い
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結論

組織再編とは、一般に、会社をひとつにまとめる、事業を別の会社へ移す、ある会社を子会社にするといった「会社の形の組み替え」を、会社法が用意した手続を使って行うことを指します。代表的な制度は、合併・会社分割・株式交換・株式移転・株式交付です。

制度を選ぶときは、会社そのもの・事業・株式のうち、どれを動かしたいのかに着目すると、候補となる制度を整理しやすくなります。大まかには、会社をひとつにするなら合併、事業を移すなら会社分割、株式を動かして親子会社の関係をつくるなら株式交換・株式移転・株式交付が候補になります。

ただし、同じ目的を株式譲渡や事業譲渡など組織再編以外の方法で実現できることもあります。制度名を先に決めるのではなく、再編の先に何を実現したいのかを先に整理することをおすすめします。

1.組織再編とは?会社法上の位置づけ

「組織再編」は会社法上の定義語ではありません。本記事では、合併・会社分割・株式交換など、会社や事業、株式の持ち方を組み替える会社法上の手続を指してこの言葉を使います。組織再編は、それ自体が目的ではなく、M&A、事業承継、ホールディングス化、グループ会社の整理など、再編の先にある状態へ近づくための手段です。

会社法第5編は、表題を「組織変更、合併、会社分割、株式交換、株式移転及び株式交付」とし、これら6つの制度について、契約や計画の作成、効力の発生、株主や債権者を保護するための手続などを定めています。本記事では、このうち会社や事業、株式を組み替える合併・会社分割・株式交換・株式移転・株式交付を中心に説明し、同じ法人のまま会社の形を変える組織変更は、本記事の第2章の最後で概要を紹介します。

根拠となる規定

  • 会社法2条(定義):組織変更、吸収合併、新設合併、吸収分割、新設分割、株式交換、株式移転、株式交付をそれぞれ定義
  • 会社法第5編:各制度の契約・計画と、実行に必要な手続を規定

組織再編をご相談いただくのは、例えば次のような場面です。

2社を1社にまとめたいグループ会社を整理し、会社そのものを統合したい。
特定の事業を別会社へ移したい事業ごとに会社を分けたい、M&A前に対象事業を切り出したい。
会社を100%子会社にしたい対象会社は残しつつ、完全親子会社の関係をつくりたい。
持株会社を作りたい新しい親会社を設立し、その下に既存の会社を置きたい。

当事務所の対応範囲は、M&A・事業承継・組織再編支援の業務案内でご案内しています。

2.組織再編の主な制度

本記事で取り上げる主な制度は、合併・会社分割・株式交換・株式移転・株式交付の5つです。「何を動かす制度なのか」「どの会社が当事者になれるのか」に注目すると整理しやすくなります。まず次の表で全体像をつかんでください。

制度 何を動かす制度か 当事者になれる会社
合併
会社法2条27号・28号
複数の会社を1社にする(消滅する会社の権利義務の全部を引き継ぐ) 株式会社・持分会社(合名・合資・合同)のいずれも可
会社分割
会社法2条29号・30号
事業に関する権利義務の全部または一部を別の会社へ承継させる 分割会社:株式会社・合同会社に限る
承継会社・設立会社:株式会社・持分会社
株式交換
会社法2条31号
既存の株式会社を100%子会社(完全子会社)にする 完全子会社になるのは株式会社。完全親会社になれるのは株式会社・合同会社
株式移転
会社法2条32号
新しい完全親会社を設立し、その100%子会社になる 完全子会社になるのは株式会社。完全親会社は新たに設立する株式会社
株式交付
会社法2条32号の2
自社の株式を対価として、他の株式会社を新たに子会社にする 株式交付親会社・株式交付子会社とも株式会社に限る

この表は、各制度の輪郭を示したものです。各制度には手続や要件の細かな違いがあり、この表だけで自社にどの制度を使えるかを判断することはできません。また、以下に挙げる利用例は実務で多い場面を挙げたものであり、網羅ではありません。ここに載っていない目的でも、組織再編を使える場合があります。

合併|複数の会社を1つにする

合併は、2つ以上の会社を法的にひとつの会社にまとめる制度です。会社法は、合併後も存続する会社が消滅する会社を引き継ぐ「吸収合併」と、新しく設立する会社がすべてを引き継ぐ「新設合併」の2つを定めています。それぞれの定義は次の条文です。

会社法2条27号・28号(定義)

二十七 吸収合併 会社が他の会社とする合併であって、合併により消滅する会社の権利義務の全部を合併後存続する会社に承継させるものをいう。

二十八 新設合併 二以上の会社がする合併であって、合併により消滅する会社の権利義務の全部を合併により設立する会社に承継させるものをいう。

出典:会社法2条27号・28号|e-Gov法令検索

条文が「会社」と書いているとおり、合併は株式会社どうしに限られません。株式会社と持分会社(合名会社・合資会社・合同会社)との間でも行うことができます。また、消滅する会社の権利義務を契約ごとに個別に移すのではなく、全部をまとめて引き継ぐ点が特徴です。

実務で使われることが多い吸収合併を図にすると、次のようになります。

A社B社A社

吸収合併のイメージ:A社が存続し、B社は消滅する

利用例:A社の100%子会社であるB社を別会社として維持する必要がなくなり、管理を一本化するためにB社をA社へ吸収合併する。

合併をする会社は、合併契約を締結しなければなりません(会社法748条)。

会社分割|事業に関する権利義務を別の会社へ移す

会社分割は、株式会社または合同会社が事業について持っている権利や義務(契約上の地位、資産、負債など。以下「事業に関する権利義務」)の全部または一部を、他の会社または新たに設立する会社に承継させる制度です。既存の会社に承継させるものを「吸収分割」、新しく設立する会社に承継させるものを「新設分割」といいます。条文の定義は次のとおりです。

会社法2条29号・30号(定義)

二十九 吸収分割 株式会社又は合同会社がその事業に関して有する権利義務の全部又は一部を分割後他の会社に承継させることをいう。

三十 新設分割 一又は二以上の株式会社又は合同会社がその事業に関して有する権利義務の全部又は一部を分割により設立する会社に承継させることをいう。

出典:会社法2条29号・30号|e-Gov法令検索

条文が「株式会社又は合同会社」と限定しているとおり、分割する側になれるのは株式会社と合同会社だけです。合名会社・合資会社は分割会社になれません。吸収分割について定めた会社法757条も、「会社(株式会社又は合同会社に限る。)は、吸収分割をすることができる」と同じ限定を置いたうえで、承継する会社との間で吸収分割契約を締結することを求めています。

吸収分割を図にすると、次のようになります。

A社
IT+不動産
A社
IT
B社
不動産

吸収分割のイメージ:不動産事業に関する権利義務をB社へ承継させる

利用例:A社がシステム開発事業と不動産事業を行っているが、今後は不動産事業を別会社で運営したいため、不動産事業に関する権利義務をB社へ吸収分割で承継させる。

会社分割では、会社法以外の確認も必要になります。まず、労働契約承継法にもとづく手続を確認します。労働者がいる場合には、通知・異議申出等の手続が関係することがあります。また、許認可等が会社分割によって当然に承継されるとは限らないため、対象事業ごとに所管法令を確認する必要があります。

株式交換|既存の会社を100%子会社にする

株式交換は、ある株式会社の発行済株式の全部を、他の株式会社または合同会社に取得させる制度です。これにより、既存の会社どうしの間に完全親子会社の関係をつくります。条文の定義は次のとおりです。

会社法2条31号(定義)

三十一 株式交換 株式会社がその発行済株式(株式会社が発行している株式をいう。以下同じ。)の全部を他の株式会社又は合同会社に取得させることをいう。

出典:会社法2条31号|e-Gov法令検索

関係を図にすると、次のようになります。

A社100%子会社
B社

株式交換のイメージ:B社は消滅せず、A社の完全子会社として残る

利用例:創業者XさんがA社とB社をそれぞれ100%保有している。A社を親会社、B社をその100%子会社とするグループ構成へ変更したい。

株式交換をする株式会社は、完全親会社となる会社との間で株式交換契約を締結します(会社法767条)。

株式移転|新しい完全親会社を設立する

株式移転は、1社または2社以上の株式会社が、その発行済株式の全部を新たに設立する株式会社に取得させる制度です。持株会社(ホールディングス)をつくる場面で使われます。条文の定義は次のとおりです。

会社法2条32号(定義)

三十二 株式移転 一又は二以上の株式会社がその発行済株式の全部を新たに設立する株式会社に取得させることをいう。

出典:会社法2条32号|e-Gov法令検索

関係を図にすると、次のようになります。

新設H社100%子会社
A社

株式移転のイメージ:既存のA社の上に、新しい完全親会社H社を設立する

利用例:A社の上に新しくH社を設立し、将来的にH社の下へ複数の事業会社を置くホールディングス体制をつくる。

株式移転をする会社は株式移転計画を作成し、2社以上が共同して株式移転をする場合には、共同して株式移転計画を作成します(会社法772条1項・2項)。

株式交付|自社の株式を対価として他の株式会社を新たに子会社にする

株式交付は、株式会社が他の株式会社を子会社にするために、その会社の株式を譲り受け、譲渡人に対してその対価として自社の株式を交付する制度です。買収の対価を現金だけに頼らずに済むことが特徴です。条文の定義は次のとおりです。

会社法2条32号の2(定義)

三十二の二 株式交付 株式会社が他の株式会社をその子会社(法務省令で定めるものに限る。第七百七十四条の三第二項において同じ。)とするために当該他の株式会社の株式を譲り受け、当該株式の譲渡人に対して当該株式の対価として当該株式会社の株式を交付することをいう。

出典:会社法2条32号の2|e-Gov法令検索

条文のとおり、対象になる「子会社」の範囲は法務省令(会社法施行規則4条の2)で定められています。株式の動きを図にすると、次のようになります。

A社株式B社株式

株式交付のイメージ:A社がB社株式を譲り受け、対価としてA社株式を交付する

利用例:A社がB社を子会社にしたいが、買収対価をすべて現金とせず、A社株式を対価に含めたい。

株式交付をする株式会社は、株式交付計画を作成します(会社法774条の2)。

会社法第5編には「組織変更」も規定されている

会社法第5編には、ここまでの5つの制度とあわせて「組織変更」も規定されています。組織変更は、株式会社が合名会社・合資会社・合同会社になること、またはその逆をいい、別の会社を新しく設立して事業を移すのではなく、同じ法人のまま会社の形が変わる制度です。会社を統合したり、事業や株式を移したりする合併・会社分割・株式交換等とは性質が異なるため、本記事では概要のみ紹介します。条文の定義は次のとおりです。

会社法2条26号(定義)

二十六 組織変更 次のイ又はロに掲げる会社がその組織を変更することにより当該イ又はロに定める会社となることをいう。

イ 株式会社 合名会社、合資会社又は合同会社

ロ 合名会社、合資会社又は合同会社 株式会社

出典:会社法2条26号|e-Gov法令検索

条文のイとロが示すとおり、組織変更にあたるのは株式会社と持分会社の間の変更です。

利用例:創業時は合同会社として設立したが、事業の成長にともない、外部株主を迎えることや株式を使った資本政策を想定して株式会社へ変更する。株式会社と合同会社の違いは、株式会社と合同会社の違いで比較しています。

組織変更をする会社は、組織変更計画を作成します(会社法743条)。株式会社が組織変更をする場合には、効力発生日の前日までに総株主の同意が必要です(会社法776条1項)。持分会社が組織変更をする場合には、定款に別段の定めがない限り、総社員の同意が必要です(会社法781条1項)。

3.制度の違い|「何が変わるか」で考える

制度名が混乱したときは、会社・事業に関する権利義務・株式のどれを動かすのかに戻ると整理しやすくなります。整理の切り口は、次の3つです。

会社そのものを1つにする→ 合併
事業に関する権利義務を移す→ 会社分割
株式を動かして親子会社の関係をつくる→ 株式交換・株式移転・株式交付

混同しやすい組み合わせ

特に混同しやすいのが、合併と株式交換です。合併では、吸収合併なら存続会社以外の当事会社が、新設合併なら当事会社のすべてが消滅しますが、株式交換では完全子会社となる会社は法人として残ります。

また、株式交換と株式移転はいずれも完全親子会社の関係をつくる制度ですが、既存の会社を完全親会社にするのが株式交換、完全親会社となる株式会社を新しく設立するのが株式移転という違いがあります。

株式交換と株式交付は、いずれも株式を取得して子会社にする制度ですが、発行済株式の全部を取得して完全子会社にするのが株式交換、自社の株式を対価として他の株式会社を新たに子会社にするのが株式交付です。

4.組織再編とM&Aは同じもの?

組織再編とM&Aは重なる部分がありますが、同じ意味ではありません。

M&Aは法律上の制度名ではなく、企業・事業の合併や買収等を広く指す実務上の言葉です。M&Aの実行やその前後の再編では、株式譲渡、事業譲渡、合併、会社分割、株式交換、株式交付などが検討されます。このうち合併・会社分割・株式交換・株式交付は、会社法第5編に規定された制度です。

一方、通常の株式譲渡は、株主が持っている株式を別の者へ譲り渡す取引で、会社法第5編の制度ではありません。株式会社の事業譲渡については、会社法467条以下に株主総会の承認などが別に規定されており、第5編の組織再編とは別の仕組みです。

スタートアップのM&Aでも、株式譲渡が選ばれることもあれば、対象事業を会社分割で別会社に切り出し、その会社の株式を譲渡することもあります。また、組織再編にともなって未行使の新株予約権の取扱いが問題になる場合もあります。後者については、M&Aでストックオプションはどうなる?でも解説しています。

5.組織再編の手続はどう進む?

組織再編は、最後に登記を申請するだけの手続ではありません。効力発生日や新会社の成立日を見据えて、会社法上必要となる手続を逆算して組み立てます。全体の流れは次の5つのステップです。

  1. 現在の状態と、再編後に実現したい状態を整理する

    現在の会社・株主・事業の構成と、再編後にどのような会社関係にしたいのかを整理します。最初から制度名を決めるより、この整理が先です。

  2. 再編の方法を決め、契約・計画を作成する

    合併契約、吸収分割契約、株式交換契約、株式移転計画、株式交付計画、組織変更計画など、制度に応じた契約または計画を作成します。

  3. 必要な決議・同意と、株主を保護する手続を確認する

    株主総会の決議、総株主の同意、持分会社の総社員の同意、種類株主総会、取締役会等のうち、制度と会社の形態に応じて何が必要かを確認します。制度に応じて、事前開示書類の備置き、株主への通知・公告、株式買取請求への対応等も確認します。一定の場合には簡易手続・略式手続を利用できることもあります。

  4. 必要に応じて債権者保護・公告・通知等を行う

    債権者の異議手続、官報公告、個別催告、新株予約権者への対応などが必要となる場合があります。必要な手続は、再編の種類と当事会社の立場によって異なります。

  5. 効力発生と登記、その後の書類整備を行う

    効力が生じる時期は制度によって異なるため、それに合わせて必要な登記を申請します。その後の書面等の備置きが必要かも確認します。

上記は全体像を理解するための典型的な流れです。すべての組織再編で、同じ決議・公告・債権者保護手続が必要になるわけではありません。例えば、株主総会の承認を省略できる場合や、債権者保護手続の要否が当事会社ごとに異なる場合があります。

組織再編にあわせて、商号や目的、発行可能株式総数などの定款を変更することもあります。定款の変更と登記の関係は、定款を変更すると登記が必要?必要・不要なケースで整理しています。株主総会そのものの基本については、株主総会について|非公開会社を中心に基本を解説もご参照ください。

6.司法書士として実際に確認しているポイント|再編の先に何を実現したいか

当事務所では、組織再編の方法がすでに決まっている場合でも、まず「なぜその再編を行うのか」「再編後に何を実現したいのか」を確認します。

これは、すでに提案されている再編案(スキーム)を否定するためではありません。会社法上の手続や商業登記へ正確に落とし込むためには、スキームの前提と目的を共有しておくことが重要だからです。

例えば「株式交換をしたい」というご相談でも、目的を確認すると「2社を1社にまとめたい」という場合があります。その目的であれば、株式交換だけでなく合併も候補になります。

反対に「合併したい」というご相談でも、「B社の法人格を残したままA社の100%子会社にしたい」という目的であれば、株式交換という方法も考えられます。目的によっては組織再編を用いず、株式譲渡、事業譲渡、新会社の設立など別の方法で実現できる場合もあります。

すでに税理士・弁護士・M&Aアドバイザー等からスキームの提案を受けている場合
当事務所では、その提案の目的や税務・会計その他の前提を確認したうえで、必要に応じて関係専門家と情報を共有しながら、会社法・商業登記の観点から必要な手続を整理します。

そのうえで、当事務所では主に次の点を確認しながら手続を整理します。

  • 現在の会社・株主の状態と、再編後に実現したい状態
  • 定款(非公開会社かどうかを含みます)、登記事項、株主名簿、種類株式・新株予約権など、会社法上の前提
  • 必要な決議・同意、債権者保護手続、効力発生日、登記までのスケジュール
  • 許認可、契約、従業員、税務・会計など、他の専門家との確認が必要な事項

投資家がいる会社では、投資契約・株主間契約等に事前承諾や通知に関する定めがないかも確認します。

特にストックオプションなどの新株予約権を発行している会社では、組織再編時の取扱いを発行要項等で確認します。発行後の管理については、ストックオプション発行手続・新株予約権の登記でもご案内しています。

税務・会計・企業価値評価について
税務上どのような取扱いとなるか(合併・会社分割・株式交換等の適格要件を含みます)、どの方法が税務上有利か、株価や交換比率をどのように評価するか、会計処理をどうするかについて、当事務所では判断していません。税理士・公認会計士等へご相談ください。当事務所では、関係専門家が整理した前提を踏まえ、会社法上の手続と商業登記へ落とし込みます。

契約の解釈・交渉について
投資契約・株主間契約の解釈や、相手方との交渉、紛争に関する判断について、当事務所では行っていません。弁護士へご相談ください。

組織再編の具体的な支援内容・料金は、M&A・事業承継・組織再編支援および商業登記・企業法務の料金表をご確認ください。

7.よくあるご質問

会社分割と事業譲渡は同じですか。

異なります。どちらも事業を他へ移す場面で利用されますが、会社分割は会社法第5編の組織再編の制度で、株式会社の事業譲渡については会社法467条以下に別に規定されています。権利義務を移転させる法律上の仕組みも異なり、必要な手続や、契約の相手方・債権者への対応の仕方も変わります。どちらが適しているかは、移す対象と目的によって異なります。

組織再編では必ず株主総会の決議が必要ですか。

制度と当事会社の立場によって異なります。例えば吸収合併・吸収分割・株式交換等では株主総会による承認が原則となる場面がありますが、一定の要件を満たせば簡易手続・略式手続により承認を省略できる場合があります。一方、株式会社が組織変更をする場合には、効力発生日の前日までに総株主の同意が必要です(会社法776条1項)。また、持分会社には株主総会がなく、持分会社が組織変更をする場合には、定款に別段の定めがない限り総社員の同意が必要です(会社法781条1項)。制度ごとの要件を確認する必要があります。

8.まとめ|「何をどう変えたいか」から考える

組織再編は、制度名を覚えるよりも、会社・事業・株式のどれをどう変えたいのかから考えると理解しやすくなります。

  • 会社を1つにしたい → 合併
  • 事業に関する権利義務を移したい → 会社分割
  • 既存の会社を100%子会社にしたい → 株式交換
  • 完全親会社を新しく作りたい → 株式移転
  • 自社の株式を対価として他の株式会社を新たに子会社にしたい → 株式交付

なお、株式会社と持分会社の間で、同じ法人のまま会社の形を変えたい場合には、組織変更という制度があります。

実際には、ひとつの目的について複数の方法が考えられることがあります。また、目的によっては組織再編を使わない方法が適していることもあります。最初から「株式交換をする」「会社分割をする」と制度名だけで決めるのではなく、現在の会社の状態と、再編の先に何を実現したいのかを整理し、その目的に合う手段を検討することが重要です。

組織再編の会社法手続・登記をご相談ください

合併、会社分割、株式交換、株式移転、株式交付、組織変更について、再編の目的と現在の会社の状態を確認したうえで、必要な決議、契約・計画書類、債権者保護手続、効力発生・成立までのスケジュールと商業登記を整理します。すでに他の専門家からスキームの提案を受けている場合も、具体的な方法がまだ決まっていない段階もご相談いただけます。

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司法書士法人LSO 代表社員 司法書士 金光康太

執筆・監修

金光 康太(かなみつ こうた)

司法書士(司法書士法人LSO 代表社員)

大阪・梅田の司法書士。スタートアップ・ベンチャー企業の資金調達、種類株式、ストックオプション、M&A・組織再編、IPO準備に伴う商業登記を中心に取り扱っています。U30堺市起業家輩出プログラムSIPメンター(2024年度・2025年度)。

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本記事について

本記事は、2026年9月時点の会社法および関係法令等をもとに、組織再編の全体像を理解するための一般的な情報として作成しています。実際に必要となる決議、株主・債権者保護手続、公告・通知、登記等は、再編の種類、当事会社の立場、定款、株主構成、対価その他の条件によって異なります。具体的な手続にあたっては、最新の法令と会社の資料をご確認ください。会社法上の手続と登記については司法書士、税務については税理士、会計については公認会計士、契約交渉・紛争その他の法律判断については弁護士等へご相談ください。

参考にした法令

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対応するスマートフォンとマイナンバーカードがあれば、委任状等への電子署名をオンラインで行っていただけます。登記申請は当事務所が行います。電子署名サービス「サインルーム(旧RSS-SR)」と専用アプリ「RSSモバイル」を利用します。案件によっては、書類の郵送等をお願いする場合があります(専用アプリ「RSSモバイル」のダウンロードはこちら)。初回相談無料です。

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