株式会社と合同会社の違いを比較｜費用・税金・責任・資金調達と選び方

監修：司法書士法人LSO 代表社員 金光康太

こんにちは。司法書士法人LSOの金光です。

会社を設立するとき、多くの方が最初に迷うのが、株式会社と合同会社のどちらを選ぶかという問題です。合同会社も広く利用されるようになりましたが、設立費用だけで決めてしまうと、事業が成長した後に会社形態が合わなくなることがあります。

外部からの出資や急成長を前提とするかどうかでも、選ぶべき会社形態は変わります。その前提となるスタートアップの意味と特徴もあわせてご確認ください。

本記事では、責任の範囲、設立費用、意思決定、出資者の交代、利益の分配、相続、資金調達、組織変更、税金・社会保険まで、判断に必要な違いを条文とあわせて整理します。

株式会社と合同会社の違いを一覧表で比較

表は横にスクロールしてご覧いただけます。

細かな例外は本文で説明します。以下、判断に影響しやすい順に見ていきます。

どちらも法人で、出資者は有限責任

株式会社と合同会社は、いずれも会社法に基づいて設立される法人です。

株式会社の株主は、その有する株式の引受価額を限度として責任を負います（会社法第104条）。合同会社も、定款に社員の全部を有限責任社員とする旨を記載しなければならず（会社法第576条第4項）、有限責任社員は出資の価額を限度として会社の債務を弁済する責任を負います（会社法第580条第2項）。

つまり、どちらも「会社の借金を出資者が当然に背負う」会社形態ではありません。合同会社は無限責任だと誤解されることがありますが、無限責任社員がいるのは合名会社と合資会社です。

違い1｜設立費用と定款認証

登録免許税

設立登記の登録免許税は、株式会社・合同会社ともに資本金の額の1000分の7ですが、最低額が異なります。

• 株式会社：資本金の額×0.7％。15万円に満たないときは15万円
• 合同会社：資本金の額×0.7％。6万円に満たないときは6万円

定款認証の手数料

株式会社の設立時定款は公証人の認証を受けなければなりませんが、合同会社の定款には認証が不要です。この差が設立実費の中心になります。

株式会社の定款認証手数料は、資本金の額等によって次のとおりです。

3つのうち1つでも外れると1万5,000円にはなりません。株式会社の定款認証手数料が常に1万5,000円というわけではない点にご注意ください。

印紙税

紙の定款には原則として印紙税4万円がかかりますが、電子定款であれば株式会社・合同会社のいずれもかかりません。詳しくは電子定款とは？紙との違い・4万円の節約・創業融資への影響をご覧ください。

違い2｜出資者と経営者の関係

株式会社は出資者と経営者を分けられる

株式会社では、会社に出資する人を「株主」、実際に会社を経営する人を「取締役」といいます。株主と取締役は同じ人でも構いませんが、別の人にすることもできます。

そのため、創業者が経営を担いながら、外部の投資家に株式を発行して資金調達をすることができます。共同創業の場合は、退任時の株式の取扱いを設立時に決めておくことが重要です（創業株主間契約とは？共同創業者が退任した場合の株式の取扱いを解説）。

合同会社は出資者が経営に参加するのが原則

合同会社では、出資者を「社員」といいます。ここでいう社員は従業員という意味ではなく、合同会社に出資している構成員のことです。

合同会社では、定款に別段の定めがある場合を除き、社員が会社の業務を執行します（会社法第590条第1項）。つまり、出資と経営が原則として一体です。

違い3｜意思決定と定款の自由度

合同会社は「意思決定が簡単」と説明されがちですが、正確には何を過半数で決め、何を全員同意とするかが分かれています。

根拠条文は会社法第590条、第591条、第637条です。

合同会社は柔軟に設計できますが、裏を返せば定款で決めなかった部分は法律のデフォルトが適用されます。複数人で設立する場合には、何を過半数で決め、何を全員同意とするのかを定款で整理しておくことが重要です。事業目的の書き方は会社の目的はどこまで書く？ピボット・許認可・法人口座を見据えた定款設計で解説しています。

違い4｜株式の譲渡と持分の譲渡

出資者の交代方法は、共同経営、事業承継、外部投資家の受入れを考えるうえで重要な違いです。

株式会社

株主は、その有する株式を譲渡することができます（会社法第127条）。ただし、非公開会社の多くは、譲渡による株式の取得について会社の承認を要する旨を定款で定めています（会社法第107条第1項第1号）。

合同会社

社員は、他の社員の全員の承諾がなければ、その持分の全部または一部を他人に譲渡することができません（会社法第585条第1項）。業務を執行しない有限責任社員については、業務を執行する社員全員の承諾で譲渡できる特則があります（同条第2項）。いずれも定款で別段の定めをすることは可能です（同条第4項）。

したがって、合同会社の持分譲渡は自由ではありません。外部の出資者を迎える場合や共同経営者の一人が退出する場合には、資金条件だけでなく、持分譲渡の承諾、定款変更、登記の手続まで確認する必要があります。

違い5｜利益（損益）の分配

合同会社では、損益分配の割合を定款で定めることができます。定款に定めがないときは、各社員の出資の価額に応じて定めるのがデフォルトです（会社法第622条第1項）。

そのため、出資額だけでなく、技術、営業、ノウハウその他の貢献を考慮して、出資割合と異なる損益分配割合を設計することもできます。株式会社では、原則として株式の内容と保有株式数に応じた取扱いになるため、この柔軟性は合同会社の特徴といえます。

違い6｜役員任期・変更登記・決算公告

任期と変更登記

株式会社の取締役には任期があり、任期満了のたびに重任登記が必要です。任期の設計は取締役の任期は何年がよい？1年と10年の判断基準で解説しています。

合同会社の社員や業務執行社員には、株式会社の取締役のような法定の任期はありません。そのため、任期満了のたびに重任登記をする必要はありません。

決算公告

株式会社は、原則として定時株主総会の終結後遅滞なく、貸借対照表（大会社は貸借対照表および損益計算書）を公告しなければなりません（会社法第440条）。合同会社には、これと同じ決算公告の義務はありません。

ただし、合同会社も成立の日および各事業年度に係る計算書類を作成・保存しなければなりません（会社法第617条）。帳簿作成や法人税の申告が不要になるわけではありません。

違い7｜資金調達・ストックオプション・上場

合同会社でも、新たな社員を加入させて出資を受けたり、金融機関等から借入れを行ったりすることはできます。外部からの資金調達が一切できないわけではありません。

一方、合同会社には「株式」がないため、株式会社のように普通株式・種類株式を発行して投資家を株主として迎えることはできません。また、会社法上の新株予約権（ストックオプション）を発行することもできません。

ベンチャーキャピタルからの株式投資、種類株式、J-KISS、ストックオプション、株式上場を計画している場合は、通常、株式会社の方が制度に適合します。ストックオプションの設計についてはストックオプションのクリフとベスティングとは？もご覧ください。

社員が死亡した場合の持分の承継

合同会社の社員は、死亡によって退社するのが原則です（会社法第607条第1項第3号）。相続人が当然に社員の地位を承継するわけではありません。

相続人その他の一般承継人に持分を承継させたい場合には、その旨を定款に定めることができます。この定めがある場合、一般承継人は持分を承継した時に社員となります（会社法第608条）。

一人合同会社で唯一の社員が死亡し、定款に持分承継の定めがない場合には、社員が欠けたことによる解散の問題にもつながります（会社法第641条第4号）。相続・事業承継を見据えた定款設計が重要です。

合同会社から株式会社への組織変更

合同会社は、後から株式会社へ組織変更することができます。ただし、商号を変更するだけの手続ではありません。

公告費用、登録免許税、専門家報酬が生じ、債権者保護手続には所定の期間が必要です。将来の株式調達やIPOを具体的に予定している場合は、当初から株式会社を選ぶ方法も比較すべきです。

税金・社会保険に違いはあるか

日本の合同会社は、米国のLLCのように当然にパススルー課税となる制度ではありません。株式会社と合同会社は、いずれも法人税法上の普通法人に含まれます。

また、会社形態にかかわらず、法人事業所で常時従業員（事業主のみの場合を含む）を使用するものは、健康保険・厚生年金保険の加入が法律で義務づけられています。役員1人だけの会社でも同様です。

したがって、「合同会社にすれば一律に法人税や社会保険料が安くなる」とはいえません。具体的な税額、役員報酬の設計、利益分配に伴う課税、社会保険の取扱いについては、当事務所では判断していません。税理士・社会保険労務士へご確認ください。

どちらが向いているか

株式会社が向いているケース

• 将来、外部投資家から株式による出資を受けたい
• 種類株式、J-KISS、ストックオプションを活用する可能性がある
• 将来的に株式上場を目指している
• 出資者と経営者を分けた会社運営を考えている
• 企業間取引や採用活動で、会社形態の分かりやすさを重視したい

合同会社が向いているケース

• 設立時の実費を抑えたい
• 自分一人、または家族・少人数のメンバーで長く経営する予定である
• 株式による外部調達やストックオプションを予定していない
• 出資割合と異なる損益分配など、内部ルールを柔軟に設計したい
• 役員の任期管理や決算公告の手間を抑えたい

知名度・信用について

株式会社は会社形態として広く認知されているため、取引先や採用候補者へ会社の仕組みを説明しやすい場合があります。

もっとも、会社の信用力は会社形態だけで決まるものではありません。資本金、業績、代表者、取引実績、許認可、財務内容、情報開示等も含めて判断されます。合同会社でも大規模な事業を行う企業は存在するため、名称上の分かりやすさと実際の信用力は分けて考える必要があります。

司法書士として実際に確認しているポイント

当事務所では、株式会社と合同会社のどちらを選ぶか検討する際、主に次の点を確認しています。

• 将来、株式による外部資金調達を予定しているか
• 種類株式、J-KISS、ストックオプションを利用する可能性があるか
• 株式上場を目指す可能性があるか
• 出資者と実際の経営者を分ける必要があるか
• 共同経営者が退出する場合のルールを決めてあるか
• 出資割合と利益分配割合を分けたいか
• 社員が死亡した場合の持分承継をどうするか
• 設立費用だけでなく、将来の登記・公告・組織変更の費用まで含めて比較しているか

特に多いのが最後の点です。設立時の実費差は数万円から十数万円ですが、後から組織変更を行うと、それを上回る費用と時間がかかることがあります。設立日のご希望がある場合は、会社の設立日はいつにする？土日・祝日も選べる新制度を司法書士が解説もあわせてご確認ください。

なお、税務上どちらが有利か、利益分配に伴う課税、役員報酬の設計等については、当事務所では判断せず、税理士への相談をお願いしています。

よくあるご質問

株式会社と合同会社は、どちらも有限責任ですか。

はい。株式会社の株主は引受価額を限度として責任を負い、合同会社も全社員が有限責任社員です。ただし、代表者の個人保証や、役員等としての別の責任までなくなるわけではありません。

合同会社でも外部から出資を受けられますか。

新たな社員を加入させて出資を受けることは可能です。ただし、合同会社には株式や会社法上の新株予約権がないため、株式会社と同じ方法で株式投資やストックオプションを設計することはできません。

合同会社は税金が安いですか。

合同会社だから一律に法人税が安くなるわけではありません。株式会社と合同会社は、いずれも法人税法上の普通法人に含まれます。具体的な税額や利益分配の取扱いは税理士へご確認ください。

合同会社の社員が亡くなると、家族が社員になりますか。

当然にはなりません。社員は死亡により退社するのが原則であり、相続人等に持分を承継させる場合は、定款にその旨を定めておく必要があります。

合同会社の持分は自由に譲渡できますか。

できません。定款に別段の定めがない限り、他の社員全員の承諾が必要です。業務を執行しない有限責任社員については、業務執行社員全員の承諾で足りる特則があります。

合同会社から株式会社へ後で変更できますか。

組織変更は可能です。ただし、組織変更計画の作成、原則として総社員の同意、債権者保護手続、公告、登記が必要となるため、単なる商号変更よりも時間と費用がかかります。

一人会社なら合同会社の方がよいですか。

設立費用と運営の簡素さを重視し、株式調達・ストックオプション・IPOを予定していない場合は、合同会社が選択肢になります。一方、一人会社でも将来の外部投資や採用計画によっては、当初から株式会社を選ぶ方が適することがあります。

まとめ

• 株式会社と合同会社は、どちらも会社法上の法人で、出資者はいずれも有限責任です
• ただし有限責任は、個人保証や役員としての責任まで免除するものではありません
• 設立実費は合同会社の方が抑えられます。株式会社は定款認証手数料（1万5,000円〜5万円）が必要です
• 合同会社の意思決定は、通常の業務は過半数、定款変更は総社員の同意が原則です
• 合同会社の持分譲渡は、原則として他の社員全員の承諾が必要です
• 合同会社は、出資割合と異なる損益分配割合を定款で設計できます
• 合同会社の社員は死亡により退社するのが原則で、承継させるには定款の定めが必要です
• 合同会社でも借入れや新社員の加入による出資は可能ですが、株式・新株予約権は発行できません
• 合同会社だから税金・社会保険が一律に安くなるわけではありません
• 組織変更は可能ですが、計画作成・総社員の同意・債権者保護手続・登記が必要です

根拠となる法令・公的資料

• 会社法第104条（株主の責任）
• 会社法第576条第4項（合同会社の社員は全部が有限責任社員）
• 会社法第580条第2項（有限責任社員の責任）
• 会社法第590条（業務の執行）／第591条／第637条（定款の変更）
• 会社法第127条（株式の譲渡）／第107条第1項第1号（譲渡制限株式）
• 会社法第585条（持分の譲渡）
• 会社法第621条（利益の配当）／第622条（社員の損益分配の割合）
• 会社法第607条第1項第3号（死亡による法定退社）／第608条（相続及び合併の場合の特則）／第641条（解散の事由）
• 会社法第440条（計算書類の公告）／第617条（持分会社の計算書類の作成及び保存）
• 会社法第746条（持分会社の組織変更計画）／第781条（持分会社の組織変更の手続）
• 日本公証人連合会「会社の定款認証手数料の改定」
• 国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」
• 日本年金機構「事業所が健康保険・厚生年金保険の適用を受けようとするとき」

司法書士法人LSOでは、株式会社・合同会社の設立手続に対応しています。会社形態の選択、資本金、事業目的、役員構成、将来の資金調達などを確認したうえで、それぞれの事業に適した設立方法をご案内します。詳しくは会社設立サービスのご案内と会社設立の料金をご覧いただき、司法書士法人LSOへご相談ください。どちらにするか迷われている段階でもご相談いただけます。