適格組織再編とは？メリットと非適格との違いをわかりやすく図解

1．適格組織再編とは？主なメリットは課税の繰延べ

「適格組織再編」とは、合併・会社分割・株式交換・株式移転のうち、法人税法上の要件（適格要件）を満たすものをまとめて呼ぶ表現です。会社法上の手続の種類ではなく、会社法の手続とは別に法人税法で判定した結果を表す言葉です（判定の流れと要件は第2章）。まず、適格組織再編にどのようなメリットがあるのかを理解すると、組織再編で「適格」かどうかがなぜ重要なのかが見えてきます。そこでこの章では、適格組織再編のメリットと、それが認められる理由を説明します。

本記事では、会社法上の組織再編のうち、吸収合併・新設合併、吸収分割・新設分割、株式交換、株式移転を扱います（会社法2条27号〜32号）。それぞれの制度の違いは、組織再編とは？合併・会社分割・株式交換などの違いで整理しています。

適格組織再編のメリットとは？

会社が持っている土地などの資産の中には、取得したときより値上がりしているものがあります。この値上がり分、つまり時価が税務上の帳簿価額を上回っている部分を「含み益」といいます。

合併や会社分割で資産が別の会社へ移る場合、税務上は原則として、その資産を時価で譲渡したものとして扱います。そのため、組織再編で資産を移しただけで、売却代金を受け取っていないのに、含み益に相当する譲渡益が計上され、法人税等の負担につながることがあります。

株式交換・株式移転では、子会社となる会社の資産は移転せず、その会社に残ったままです。ただし、非適格の場合には、一定の場合に、子会社となる会社が持つ一定の資産（時価評価資産）を時価で評価し直し、その評価益や評価損を所得の計算に反映します（評価益は益金の額に、評価損は損金の額に算入します。法人税法62条の9）。資産を売却していなくても、含み益に相当する評価益が所得に算入される場合があるという点では、合併・会社分割と共通します。

これに対し、組織再編が適格要件を満たすと、一定の譲渡損益や評価損益を再編の時点では計上しません。そのため、含み益について、再編の時点で税負担が生じることを避けられる場合があります。仕組みは再編の種類によって異なります。合併・会社分割では、移転する資産を、移転先の会社に税務上の帳簿価額で引き継ぐ（または譲渡する）ものとして所得を計算するため、再編の時点では譲渡益を計上しません。株式交換・株式移転では、適格であれば、法人税法62条の9による時価評価が行われないため、含み益は子会社となる会社の資産に残ったままになります。含み益がある場合には、これが適格組織再編の代表的なメリットです。制度ごとの違いは、第7章で整理しています。

「課税の繰延べ」とは？｜課税関係を将来へ持ち越す

上で説明したように、再編の時点では一定の譲渡益や評価益を計上せず、その課税関係を将来へ持ち越すことを、「課税の繰延べ」といいます。含み益にかかわる課税関係をなくすのではなく、将来へ持ち越すという意味です。

適格組織再編でも、含み益は消えません。再編後にその資産を持つ会社でも、税務上の帳簿価額は時価より低いままなので、含み益もその会社に残ります。そして、将来その資産を売却したときなどに、その税務上の帳簿価額を基礎として譲渡損益が計算され、譲渡益が出れば、その時点で課税の対象となります。

なお、課税の繰延べは、すでに確定した税金の支払期限を延ばしてもらう制度ではありません。再編の時点では、そもそも一定の譲渡益や評価益を計上しない、という仕組みです。

数字で確認含み益に相当する譲渡益が「いつ」「どの会社で」計上されるのかは、第3章〜第5章で、B社が持つ土地の例を使って具体的な数字で追いかけます。第3章へ ↓

なぜ合併・分割などで繰延べが認められるのか

では、なぜ一定の組織再編では、このような課税の繰延べが認められているのでしょうか。財務省の「組織再編税制に関する資料」では、その基本的な考え方が次のように説明されています。

つまり、組織再編によって法律上は資産が別の会社へ移っても、再編の前後でその資産に対する支配が続いていると認められる場合には、その時点では譲渡損益を確定させず、課税関係を後へ持ち越す、というのが組織再編税制の基本的な考え方です。

なお、これは制度の基本的な考え方（趣旨）の説明です。「経済実態に実質的な変更がないこと」や「支配が続いていること」が、すべての適格合併に共通する独立の要件として別に課されるという意味ではありません。適格かどうかは、法人税法・法人税法施行令に定められた各要件に基づいて判定します。

では、どのような組織再編であれば、課税の繰延べが認められるのでしょうか。次の章で、適格かどうかの判定の流れと、適格要件の中身を確認します。

3．具体例｜含み益4,000万円の土地を持つB社

ここからは、適格合併と非適格合併の違いを、1つの例で確認します。比較の中心は、B社が持っている土地です。

B社は、税務上の帳簿価額1,000万円、時価5,000万円の土地を持っています。この土地には、4,000万円の含み益があります。このB社をA社が吸収合併すると、B社は消滅し、土地を含むB社の権利義務をA社が承継します。

合併前のB社を、簡略化した貸借対照表（B/S）で示すと、次のとおりです。金額は、法人税の所得を計算するときに使う税務上の帳簿価額です（会計上の帳簿価額と一致しないこともあります）。実際の会計上の貸借対照表を再現したものではありません。B/Sの読み方は、貸借対照表（B/S）とは？で解説しています。

ここで押さえる数字は、税務上の帳簿価額1,000万円・時価5,000万円・含み益4,000万円の3つだけです。

今回は、B社の土地を第三者へ売却する場面ではなく、B社をA社が吸収合併する場面です。それでも、この合併が非適格か適格かによって、この4,000万円を合併の時点で譲渡益として計上するかどうかが変わります。

では、具体的に何が違うのでしょうか。次の章で比べます。

5．4,000万円はどこへ？課税の繰延べを追う

適格合併になっても、土地の4,000万円の含み益は消えていません。時価より低い税務上の帳簿価額1,000万円とともに、課税関係がA社へ持ち越されています。

適格合併で起きていることを一言でまとめると、次のとおりです。

合併後、A社がこの土地を6,000万円で第三者へ売却したとします。土地は減価償却をしない資産で、他の税務上の調整もない単純な例として、次の図で比べます。

この単純な例では、土地について最終的に計上される譲渡益の合計は、どちらも5,000万円です。違うのは、いつ、どの会社で譲渡益を計上するかです。

適格合併なら、結局税金はかからない？

そういう意味ではありません。少なくとも本記事で扱う適格合併の例では、4,000万円の含み益が永久に非課税になるわけではありません。上の例では、合併の時点で4,000万円を計上しない代わりに、A社が土地を1,000万円の税務上の帳簿価額で引き継ぐため、後日6,000万円で売却したときに5,000万円の譲渡益が生じます。

7．分割・株式交換等・株式移転が適格の場合

本記事では適格合併をモデルケースにしましたが、会社分割・株式交換等・株式移転にも、法人税法上の適格要件と、適格要件を満たした場合の税務上の取扱いが、制度ごとに定められています。

4つの制度について、法人税法上の呼び方と、それぞれが適格になった場合の主な税務上の効果をまとめると、次のとおりです。

このように、制度ごとに仕組みは異なりますが、再編時の課税関係をそのまま確定させず、一定の課税を繰り延べる仕組みが設けられている点に共通性があります。適格合併・適格分割・適格株式交換等・適格株式移転について、具体的にどのような要件を確認するのかは、制度ごとの個別コラムとして順次公開していきます。

9．司法書士として実際に確認しているポイント

当事務所が組織再編のご依頼で確認することが多い点の例です。案件によっては、ここに挙げていない事項を確認することもあります。

• 再編の方法と全体スケジュール｜どの制度を使うかを前提に、株主総会などの決議、必要な場合の債権者保護手続、効力発生日、登記申請までの日程を、できるだけ早い段階で整理するようにしています。
• 契約・計画の記載と税務上の前提｜合併契約・分割契約（計画）などに記載する再編の対価や効力発生日が、ご依頼者と税理士等の間で確認・整理された税務上の前提と食い違っていないかを、できるだけ確認するようにしています。
• 効力発生から登記までの整合性｜契約・計画、決議、公告・催告、効力発生日、登記の申請内容が、一続きの手続として整合しているかを確認するようにしています。

組織再編の登記のご依頼については、M&A・事業承継・組織再編支援でご案内しています。

まとめ｜適格判定と共通するメリット

• 会社法上は合併・会社分割などとして手続を行い、その再編が法人税法上の適格要件を満たすかを、税務上別に判定する
• 「適格合併」「適格分割」「適格株式交換等」「適格株式移転」は、法人税法2条に定義されている
• 適格要件は、再編の種類・当事会社の資本関係・再編の対価などによって異なる
• 組織再編が法人税法上の適格要件を満たすと、資産を第三者へ売却していない再編の時点で、一定の譲渡損益や評価損益の計上を繰り延べるなど、税務上の特別な取扱いを受けられることがある
• その仕組みは、合併・会社分割では移転資産を移転先の会社に税務上の帳簿価額で引き継ぐ（または譲渡する）ものとして扱い、株式交換等・株式移転では法人税法62条の9による時価評価が行われない、というように再編の種類によって異なる
• ただし、いずれの場合も含み益そのものが消えるわけではない。再編後も、その資産を持つ会社では税務上の帳簿価額が時価より低いまま残るため、含み益に対する課税関係が将来へ持ち越される（課税の繰延べ）。本記事では、この仕組みを適格合併の例で確認した

会社分割・株式交換等・株式移転の具体的な適格要件は、制度ごとの個別コラムとして順次公開していきます。