商業登記の登録免許税｜株式会社・合同会社の主な税額一覧と計算例

1．商業登記の登録免許税とは？｜金額が決まる仕組み

登録免許税は、登記や登録などを受けるときに納める国税で、会社の設立や役員変更などの登記を申請するときにも必要になります。司法書士に依頼する場合の報酬とは別にかかります。

登録免許税は、どの登記でも同じ金額になるわけではありません。どのような登記をするのか、何を基準に税額を計算するのかによって変わります。その基本を定めているのが登録免許税法第9条です。

この「計算のもとになる金額や数量」を、法律では「課税標準」と呼びます。登記の種類によって、資本金の額を使うもの、申請の件数を使うもの、本店や支店の数を使うものがあります。

では、具体的にどの登記がいくらになるのでしょうか。次の章では、まず別表第一第24号の税区分の全体を確認し、そのあと株式会社・合同会社で申請の多い登記の一部を早見表にまとめます。

3．主な登記の登録免許税と計算例｜設立・変更・増資・解散

主な登記ごとに、税区分・税額と計算例をまとめました。複数の登記を同時に申請する場合の計算は、第4章で説明します。

3-1．会社設立の登録免許税

通常の設立登記は、株式会社も合同会社も資本金の額の0.7％で計算し、最低税額だけが異なります。

同じ資本金300万円でも、納める額は次のように変わります。

通常の設立以外の登録免許税

株式会社の定款認証費用など、会社形態ごとの設立費用の比較は、会社設立の業務案内で紹介しています。

3-2．変更登記の登録免許税

役員の交代、商号や事業目的の変更、本店の移転など、変更登記の登録免許税は何を変更するかによって税区分と税額が変わります。よく申請される4つの変更登記をまとめました。

3-3．増資・減資・新株予約権の登録免許税

どれも会社の資本や株式に関わる登記ですが、増資は払込総額ではなく増加した資本金の額で、減資と新株予約権の発行は申請1件ごとの定額で計算します。

増資の計算例

株式会社では、払い込まれた額の2分の1までは資本金に計上しないことができ、その額は資本準備金として計上します（会社法第445条第2項・第3項）。例えば、投資家から1,000万円の払込みを受け、そのうち500万円を資本金、残り500万円を資本準備金に計上する場合は、次のようになります。

• 1,000万円の全額を資本金にした場合は、1,000万円 × 0.7％＝7万円です。
• 資本金の増加額が100万円なら、計算上は7,000円ですが、法定最低税額の3万円が適用されます。
• 増資と同時に種類株式の内容・発行可能種類株式総数などを変更して登記する場合には、税区分「ツ」の税額も必要となることがあります。

具体的な支援範囲は、資金調達・種類株式の業務案内とストックオプション発行手続をご覧ください。

3-4．解散・清算人・清算結了の登録免許税

会社は、解散しただけでは消滅しません。通常は清算人が残った財産や債務を整理する「清算」の手続に入り、それが終わってから清算結了の登記をします（合併による解散など、清算をしない場合を除きます）。株式会社が解散し、清算人・代表清算人を登記する一般的なケースでは、次の登録免許税がかかります。

解散と清算人の登記の合計3万9,000円という金額は、法務局が公開している商業・法人登記のよくあるご質問（Q17）でも示されています。清算中に登記事項を変更した場合などは、別に登録免許税がかかります（第24号（三）ニの1件6,000円など）。

5．登録免許税の計算と納付の注意点｜端数処理・軽減措置・納め方

早見表や29区分の表の税率を掛けるだけでは、最終的な登録免許税を求められない場合があります。計算の段階では端数処理と軽減措置・非課税の有無を、税額が決まった後は納め方を確認します。

計算の途中で端数を処理する

資本金の額などを基準にする場合は、原則として課税標準の1,000円未満を切り捨て、税率を掛けて計算した税額の100円未満を切り捨てます。

端数処理の流れが分かるよう、増加する資本金の額が5,012,345円の場合を例に見てみましょう。

根拠は、国税通則法第118条（課税標準の端数）・第119条（税額の端数）および登録免許税法第15条です。第15条は、課税標準の全額が1,000円未満の場合に1,000円とする特則です。

軽減措置・非課税の適用有無を確かめる

特定創業支援等事業に係る証明書を利用する設立登記など、租税特別措置法などによる軽減措置が設けられている場合があります。また、住居表示の実施・変更や、行政区画の変更に伴う地番の変更などによって登記事項を変更する場合は、所定の証明書を添付すれば登録免許税がかかりません（登録免許税法第5条第4号・第5号）。なお、行政区画や町・字、またはそれらの名称が変わっただけの場合（地番の変更を伴わない場合）は、変更の登記があったものとみなされるため（商業登記法第26条）、会社が変更登記を申請する必要はありません。一般税率の一覧表だけで、個別案件の最終税額を確定しないようにします。

納め方を確認する

法務局に書面で申請する場合は、収入印紙を「収入印紙貼付台紙」に貼って納めることが多く、法務局の申請書様式の案内でもその方法が示されています（法務局「商業・法人登記の申請書様式」）。オンラインで申請する場合は、電子納付もできます（登録免許税法第24条の2）。なお、法律上は、現金で納付してその領収証書を貼り付けるのが原則で（同法第21条）、収入印紙で納められる場合は同法第22条・同法施行令第29条に定められています。

7．よくあるご質問

会社の変更登記は、すべて登録免許税3万円ですか？

いいえ。登記の内容（税区分）によって異なります。主な金額は第2章の早見表をご覧ください。

登記の申請を取り下げた場合、納めた登録免許税は戻ってきますか？

はい。原則として還付されます。登記所から税務署へ通知され、還付の手続に進みます（登録免許税法第31条第1項）。収入印紙や領収証書で納めていた場合は、取下げにあわせて申し出れば、取下げの日から1年以内に同じ登記所へ申請する登記に使い回せる証明（再使用証明）を受けることもできます（同条第3項）。

登録免許税を納めすぎていた場合は、どうなりますか？

登記を受けた日から5年を経過する日までに登記所へ申し出れば、還付を受けられます。税額の計算の誤りなどで納めすぎていた場合に、登記所から税務署への通知を請求する手続です（登録免許税法第31条第2項）。なお、登記所が納めすぎに気付いた場合も、登記所から税務署へ通知されます（同条第1項第3号）。